目前澎湖港為一港二碼頭區形態,包括馬公及龍門尖山碼頭區,馬公碼頭區位於澎湖群島之澎湖本島西南灣岸馬公市,港口位置為北緯23度33分42秒,東經119度33分06秒,係一個港口朝西之馬蹄形天然灣澳,港域遮蔽良好,風浪不易直接侵入,是澎湖群島對外海上交通運輸首要門戶,亦是民生物質主要輸入港。龍門尖山碼頭區位於澎湖本島東南灣岸湖西鄉,港口位置為北緯23度33分23秒,東經119度40分20秒。

       澎湖地區觀光資源豐沛,深具開發潛力,港埠規劃朝向觀光、旅遊及休閒等功能發展,尤其澎湖縣政府管轄之馬公第一、二漁港已整建為漁人碼頭,毗鄰澎湖國內商港馬公碼頭區九號碼頭,向西延伸至三號、四號碼頭前之石滬廣場,北接馬公市中正路形象商圈,形成觀光新據點,吸引遊客前來。

       馬公碼頭區開放為觀光遊憩點之構想,「澎湖港整體規劃及未來發展計畫」〈96-100年〉,該案於九十六年9月12日核定,作為馬公港群未來發展依據。

       近期為配合地方觀光發展,馬公碼頭區已稍加整建,除維持原商港功能外,可讓遊客前來體會商港風情,如將一號碼頭圍牆拆除,整建為花壇,植栽綠化,並配有石桌椅、景觀燈;澎湖縣政府並於外圍闢建一社區小公園(南甲園),附近更有一級古蹟天后宮及三級古蹟順承門相輝映,尤其順承門鄰接馬公港碼頭區一號碼頭,且位於馬公市之唯一高點,居高臨下欣賞天空下的馬公港,是另一種迷人的水岸風華,可體會不一樣的城市經驗。